De bestrijding van de Muskusrat is – zeker sinds 1 januari 1986 – een permanente aangelegenheid. Sinds genoemde datum wordt de bestrijding uitgevoerd door de provincies, die primair er voor dienen te zorgen dat schade aan waterkeringen uitblijft. Dit gebeurt door de muskusrattenpopulatie intensief te bestrijden, totdat deze een dermate laag niveau bereikt dat de bestrijding hoofdzakelijk kan volstaan met 'speuren’. Immers, onder die omstandigheden wordt minimale schade-ontwikkeling gekoppeld aan minimalisering van de mogelijk optredende neveneffecten van de bestrijding. Namelijk: 1. het gebruik van minder vangmiddelen in het veld leidt tot minder bijvangsten 2. een lagere populatiedichtheid betekent blijvend minder Muskusratten doden 3. minder betreden betekent minder verstoring van flora en overige fauna.