Zu den wichtigsten botanischen Untersuchungen haben immer Abhandlungen über den Bau und die Entwicklungsgeschichte der Pflanzen gehört. In manchen Fällen haben erst diese ein klares Verständnis der verwandtschaftlichen Beziehungen der betreffenden Pflanzengruppe angebahnt und gelang es dadurch ein natürliches System auf zu stellen. Besonders in den letzten Jahrzehnten, nachdem auch die Cytologie in den Bereich dieser Studien aufgenommen wurde, sind die Fortschritte in dieser Richtung von Bedeutung geworden. So stützt sich z. B. die heutige Einteilung der Gymnospermen hauptsächlich auf die Ergebnisse cytologischer Untersuchungen. Durch den Nachweis der Reduktionsteilung bei verschiedenen Pflanzen wurde ein klares Bild über das, was eigentlich Generationswechsel ist, erhalten und wurde die Beziehung zwischen Cryptogamen und Phanerogamen wesentlich aufgeklärt.