Ook voor de (zoogdier)fauna wordt het de laatste jaren duidelijk dat milieuverontreiniging een rol kan spelen bij het voortbestaan van de populatie. Onder milieuverontreiniging wordt dan verstaan de belasting van het milieu met stoffen zoals zware metalen, bestrijdingsmiddelen en PCB’s, maar ook een overmatige belasting van het milieu met de zogenaamde milieu-eigen stoffen; verzurende en vermestende stoffen, zoals stikstof en fosfaat. Voor de hand liggende voorbeelden zijn natuurlijk de problemen rond de zeehonden in de Waddenzee en de discussie over de kansen voor het herstel van otterpopulaties in Nederland en Vlaanderen. Maar milieuvreemde stoffen (zoals zware metalen en bestrijdingsmiddelen) spelen ook een rol bij de minder in het oog springende soorten. Milieu-eigen stoffen, zoals ammoniak en andere stikstof-verbindingen, oefenen eveneens invloed uit op de aantallen van een soort door effekten op bijvoorbeeld voedselorganismen of vegetatie.