Het Apeldoorns Kanaal staat sinds halverwege de negentiende eeuw bekend om zijn bijzondere natuurwaarden. Het herbergt een van de grootste populaties drijvende waterweegbree van Nederland. Vanwege die bij- zondere natuurwaarden voeren Waterschap Vallei en Veluwe en Waarden- burg Ecology sinds 2009 een uitgebreide ecologische monitoring uit. Hieruit blijkt dat de aanvoer van hard, sulfaatrijk IJsselwater in droge tijden een grote invloed heeft op de bijzondere vegetatie. Voor het voortbestaan van de natuurwaarden is het essentieel dat die aanvoer beperkt blijft. Vitens neemt kanaalwater in voor drinkwaterwinning. Dit heeft echter nog geen noemenswaardig effect gehad op de natuurwaarden.