Tot voor kort leek de zomerverspreiding van de ingekorven vleermuis zich in Nederland te beperken tot twee kraamkolonies in Midden-Limburg plus een aantal losse waarnemingen in de wijde omgeving. In juli 2005 testte de Nederlandse Jeugdbond voor Natuurstudie nieuwe manieren uit om de aanwezigheid van ingekorven vleermuizen vast te stellen, met een nieuwe kolonie als resultaat. De meest gebruikte inventarisatiemethoden blijken ontoereikend te zijn voor deze streng beschermde soort. De ingekorven vleermuis Myotis emarginatus staat in Nederland als ‘bedreigd’ op de Rode Lijst. Het is één van de vier vleermuissoorten die bescherming genieten volgens bijlagen II en IV van de Habitatrichtlijn. Voor bijlage II-soorten dient Nederland de belangrijkste leefgebieden aan te wijzen als beschermd gebied.