Het Mekelermeer is een ovale, open waterplas met een diameter van 200 tot 250 meter (Afb. 1). Het heeft in het midden een waterdiepte van ongeveer 6 meter, maar onder de waterbodem ligt nog 6 meter meersediment. De totale diepte was dus ooit 12 meter. Het Mekelermeer is een bijzonder mooi voorbeeld van een pingoruïne, ontstaan door het afsmelten van een ijskernheuvel of pingo aan het einde van de laatste IJstijd, toen de bodem het gehele jaar door bevroren was (permafrost). In het meer is wel meersediment afgezet, maar door zijn grote diepte is er nooit veenvorming opgetreden. Het is dus ook nooit uitgeveend. Hierdoor herbergt het in zijn sediment een onschatbaar aardkundig archief met informatie over een periode van meer dan 10.000 jaar.