Hybridisatie speelt bij de soortvorming van planten een belangrijke rol. Het beeld van een stamboom met naar de uiteinden alsmaar meer vertakkende evolutielijnen gaat voor vaatplanten niet op; bijna alle soorten zijn ontstaan doordat bij hybridisatie-momenten de evolutielijnen van oudersoorten “verknoopt” raken en als één lijn verder gaan. Naast fertiele kruisingen (en terugkruisingen) tussen nauw verwante soorten, treden ook kruisingen op tussen minder verwante soorten of zelfs genera. Hoewel deze meestal steriel zijn, kunnen ze door chromosoomverdubbeling hun fertiliteit herwinnen (allopolyploïdie). Ze worden dan beschouwd als nieuwe soorten. Bij relatief immobiele organismen als planten is de mens een steeds belangrijkere en actievere rol gaan spelen bij het opheffen van natuurlijke voortplantingsbarrières tussen soorten.