Brakke wateren zijn, zowel in het nabije als in het verre verleden, zeer overvloedig langs de kusten van de lage landen aanwezig geweest. Zo bestond West-Nederland ongeveer tweeduizend jaar geleden vrijwel geheel uit grote, ondiepe brakwater-meren, aan de zeezijde begrensd door zandige strandwallen en duinen, doorsneden door de grote rivieren. Vóór de aanleg van de Afsluitdijk (1932) vormde de Zuiderzee een uitgestrekt brakwaterbiotoop, waarbij de invloed van het zout door kwel en instroming via sluisjes en dergelijke nog tot ver in het binnenwater van het omringende land merkbaar was.