Zoals breed uitgemeten in de pers heeft de FFF de aangespannen rechtzaak tegen het ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Voedselkwaliteit aangaande de verleende Flora- en faunawetontheffing voor de werkzaamheden in het Polderhoofdkanaal, gewonnen. De rechter oordeelde dat er onvoldoende aangetoond was dat er sprake is van dwingende reden van groot openbaar belang. Dat is een voorwaarde voor het verlenen van een FF-wetontheffing als er Habitatrichtlijn-soorten, in het bijzonder van Bijlage IV, in het geding zijn. In het geval van het Polderhoofdkanaal zijn er twee Bijlage IV-soorten aanwezig: de Groene glazenmaker (‘lelstikelbiter’) en de Gestreepte waterroofkever. Met name voor die laatste soort is het Polderhoofdkanaal extra belangrijk omdat er een bijzonder hoge dichtheid aan kevers aanwezig is. Het is een zogenaamde sleutel- of bronpopulatie. Deze unieke dichtheid wordt grotendeels veroorzaakt door de ruimtelijke en ecologische kwaliteit van het Polderhoofdkanaal. Het is daarom van groot belang om hier op een verantwoorde wijze mee om te gaan. De voorgestelde compenserende maatregelen in het oorspronkelijke plan zijn door de FFF en een aantal deskundigen ter discussie gesteld. Intussen heeft ook de Friese Milieufederatie alsnog bezwaar aangetekend bij het ministerie van LNV. Dat de zaak (voor leken) ecologisch ingewikkeld is, is intussen bij de diverse overheden intussen wel bekend. Het Friese Merenproject wil het Polderhoofdkanaal desondanks, samen met de overige betrokken overheden, het liefst op korte termijn openstellen voor de recreatievaart. De provincie heeft daarom opdracht gegeven aan ecologisch adviesbureau Altenburg & Wymenga om uit te zoeken of compensatie mogelijk is en op welke wijze dit tot stand moet komen. Afhankelijk van de uitkomsten van dit rapport zullen de FFF en de Friese Milieufederatie besluiten of de bezwaarprocedure in stand blijft, of dat de bezwaren op basis van goede afspraken kunnen komen te vervallen. Momenteel is de realisatie van kwalitatief en kwantitatief goede compensatie nog steeds zeer twijfelachtig.