Vooral door terugdringing van voedingsstoffen als fosfaat en stikstof is de waterkwaliteit sinds een jaar of vijftien sterk verbeterd. Ongezuiverde puntlozingen behoren vrijwel tot het verleden, het aantal rioolwateroverstorten is teruggebracht, rioolwaterzuiveringsinstallaties (rwzi’s) zijn geoptimaliseerd, de wet- en regelgeving is aangescherpt en boeren, bedrijven en burgers zijn milieubewuster geworden. Hierdoor zijn slechte situaties opgeheven. Toch is de waterkwaliteit niet wat die moet zijn, zo blijkt uit recente toetsingen aan de doelen van de Kaderrichtlijn Water. Deze onvoldoende waterkwaliteit geldt voor tal van polderwateren en laagveenmoerasgebieden, maar nog duidelijker voor de Friese boezem. Voor het Friese boezemwater is het doorzicht gering, duidt de algensamenstelling op voedselrijk water, ontbreken waterplanten vrijwel geheel en domineert Brasem de visstand. Er zijn meerdere oorzaken die deze onvoldoende ecologische kwaliteit veroorzaken en verder herstel remmen.