De Vlinderstichting is een ideële stichting die inkomsten verwerft uit donaties, giften en legaten en uit het uitvoeren van projecten. Deze worden onder andere ingezet voor het maken en versturen van het tijdschrift Vlinders en voor het coördineren, controleren en beheren van waarnemingen aan de verspreiding van soorten. Tevens wordt hiermee geïnvesteerd in het zodanig beïnvloeden van beleid en beheer dat de leefomstandigheden voor vlinders en libellen duurzaam worden verbeterd. Het merendeel van de inkomsten is afkomstig van de uitvoering van projecten in opdracht of met subsidie van overheden, terreinbeheerders en particuliere fondsen. Deze inkomsten dekken de kosten die voor de projecten worden gemaakt. Daarnaast heeft De Vlinderstichting inkomsten uit de verkoop van materialen en rente uit op (tijdelijk) uitstaand kapitaal.