Op 2 november 2006 werd in het Auditorium van de Vrije Universiteit in Amsterdam de Van Waterschoot van der Gracht Penning van het KNGMG (Koninklijk Nederlands Geologisch en Mijnbouwkundig Genootschap) uitgereikt aan professor Bert Boekscholen. Deze penning is het hoogste eerbewijs dat in Nederland aan uitzonderlijk verdienstelijke aardwetenschappers kan worden gegeven. Er waren circa 100 personen naar de VU gekomen om de uitreiking mee te maken. De dochter van Van Waterschoot van der Gracht, een vitale 94-jarige dame, behoorde tot de genodigden. Bert Boekscholen werd eerst toegesproken door de voorzitter van de KNGMG. Er waren dit jaar drie redenen voor het toekennen van de 53e penning aan Bert Boekscholen. Allereerst zijn wetenschappelijke prestaties als allround geoloog, onder meer als expert op het gebied van ichnofossielen. In totaal werden van Bert in diverse tijdschriften, in de loop der jaren, zo’n 70 artikelen geplaatst. Een tweede reden voor toekenning was zijn gave voor onderwijs. Daarin was hij geen leraar maar leermeester. Wel een harde leermeester want slechte studenten waren bij hem aan het verkeerde adres. Reden drie was zijn maatschappelijke betrokkenheid. Zo konden onder andere de amateurs van de Nederlandse Geologische Vereniging door de jaren heen op zijn medewerking rekenen. Hoger Onderwijs geven aan ouderen (HOVO) deed hij ook.