De kleine watersalamander is de algemeenste watersalamander van Nederland die alleen in gebieden met brak water en in extreem zure milieus ontbreekt. De voorkeurshabitat bestaat uit min of meer kalkrijke, voedselrijke en zoete wateren die zijn omgeven door terrein met begroeiing en andere dekking waarin de landfase kan worden doorgebracht. De kleine watersalamander is in Nederland niet bedreigd en heeft zich enigszins aan de verstedelijking kunnen aanpassen.