De eikelmuis is ongetwijfeld de bekendste van onze inheemse slaapmuizen. In Vlaanderen en Zuid-Nederland bereikt ze zowat de noordgrens van haar verspreidingsgebied. De twee Vlaamse zoogdierenatlassen die de periodes 1976-1985 en 1987-2002 bestrijken, leren ons dat de soort vooral goed vertegenwoordigd is in het zuiden van Oost-Vlaanderen, aan de Westkust en in Haspengouw. Het leek er zelfs op dat de eikelmuis zijn areaal wist uit te breiden tussen de twee inventarisatieperiodes, maar wellicht was dat eerder een gevolg van een toegenomen inventarisatie-inspanning. Verschillende zoogdieronderzoekers merkten tegelijk op dat ze in hun regio – zoals in de Westhoek of de Vlaamse Ardennen – minder eikelmuizen zagen dan vroeger. Gelijkaardige signalen kwamen ook van bewoners uit de genoemde regio’s. In september 2005 werd op een Europees congres over slaapmuizen duidelijk dat het ook elders in Europa niet zo goed gaat met de eikelmuis.