De Filiaalcollectie is in de oorlog 1940—1945 ontstaan onder de druk van de omstandigheden. Door verscheidene Haagse N.J.N.-ers was veel belangrijk marien Nederlands materiaal, vooral mollusken, bijeengebracht. Teneinde het gevaar voor het verloren gaan zoveel mogelijk te beperken werd besloten de diverse collecties bij een te voegen en aan het Rijksmuseum van Natuurlijke Historie te Leiden te schenken. De bovengenoemde schenkers verenigden zich tot het Comité ter Bestudering van de Nederlandse Mariene Fauna; later werd hier nog Flora aan toe gevoegd. Bepaald werd dat de nu gevormde collectie zou worden beheerd door de leden van het Comité. De collectie bleef dan ook in ’s-Gravenhage en zo ontstond de naam „Het Filiaal”. Na de oorlog traden veel leden uit het Comité, terwijl een aantal anderen toetraden. Door deze verandering werd Leiden geschikter als standplaats voor het Filiaal. Daar in Leiden ook meer ruimte beschikbaar was werd het Filiaal dan ook naar het Rijksmuseum van Natuurlijke Historie overgebracht. Zij is echter ook daar een aparte, faunistisch-mariene collectie. Tegelijkertijd werden de wieren in het Rijksherbarium te Leiden ondergebracht. Aanvankelijk bestond de collectie bijna uitsluitend uit mollusken, later namen ook de andere mariene groepen in belangrijkheid toe. Naast een uitgebreide verzameling wieren telt de collectie momenteel een 11500 nummers. Hiervan zijn nog steeds de mollusken de belangrijkste groep met een 5200 nummers. Daarna volgen de Annelida met een kleine 2350 nummers, de Crustacea met ruim 1600 nummers, de Bryozoa met ruim 1000 nummers, terwijl het aantal nummers bij de Chordata en de Coelenterata ook nog ruim 400 per groep is.